Die Anfänge von St. Thomas an der Kyll reichen bis ins 12. Jahrhundert zurück. Erzbischof Thomas Becket von Canterbury, der in der Weihnachtsoktav 1170 in seiner Kathedrale ermordet wurde, hat dem Ort den Namen gegeben. Thomas wurde 1173 von Papst Alexander III. heiliggesprochen.
Wenig später unternahm der Eifelritter Ludwig von Deudesfeld zusammen mit seiner Gattin Ida eine Wallfahrt zum Grab des englischen Märtyrerbischofs. Er brachte aus Canterbury eine kostbare Körperreliquie (de cerebro) mit. Gleichsam als Schrein für diese Thomas-Reliquie ließ er auf seinem Besitz im Kylltal eine Kapelle (Oratorium) errichten. Sie war eine der frühesten Verehrungsstätten des neuen Heiligen in Europa und zog von Anfang an viele Pilger an. Das Thomas-Heiligtum ließ den älteren Ortsnamen “Ernistbura” untergehen; der Ort hieß fortan “St. Thomas”.